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12V系バッテリーは車両の制御系の電源となっています。
ハイブリッドシステムの制御も12V系のバッテリーが用いられています。
基本的に制御を構成するデバイスは、TTLレベルの電位で回路が出来上がっています。
これは、世界の電子デバイスの制御がテキサスインスツルメンツが規格したICから始まっているからです。
市場のデバイスはTTLレベルか、CMOSレベルで出来上がっています。

高電圧バッテリーの電力を使うにも、昇圧して利用する必要があります。
昇圧回路も電子回路ですから、その回路を動作させるために5V程度の電力供給が必要となります。
その電力供給源が12V系バッテリーとなります。
昇圧回路を動作させる電力が無いと、高電圧バッテリーを使う事すらできません。
又、高電圧バッテリーモジュールも個々のバッテリーセルはニッケル水素で3.6V、リチウムイオンで7.2V程度、それぞれのセルのSOC制御を行うのにも電子回路の電圧の電力が必要となります。
高電圧バッテリーは状態を維持管理するにも12V系バッテリーが必要となります。

上記のように、駆動用バッテリーはモーター駆動と充電での大電力を効率的に使うのに適していますが、制御系で使うには適していません。
高電圧から昇圧するにも電圧変換で若干の損失を伴いますから、用途によって電源は別に用意した方が効率的です。
又、一元的だとバッテリーが枯渇した場合、全く何もできなくなってしまいます。

(kimdongkさんへ)