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車幅が基準を超えるからです。

カローラルミオン：1760mm
ｉｓｔ：1725mm
オーリス：1760mm

いずれも、5ナンバーの上限である1700mmを超えるため、3ナンバーになります。
ちなみに、キューブは1695mmですから5ナンバーです。

補足
「3ナンバーは税金が高い」というのは、もう20年以上も昔の話です。今は、同じ基準で税額が決まりますので、維持費について「3ナンバーだから」「5ナンバーだから」というのはナンセンスです。
ですから、メーカーにとって、無理に5ナンバーサイズに抑える意義は少ないです。むしろ、既存のイメージにより「3ナンバー化することで高級・上質であることをアピールする」という戦略が採られます。設計上も、少しでもトレッドが広い方が、室内空間でも運動性でも有利です。
幅を広げると問題になるのは、主にコストと取り回しです。メーカーはそのバランスを考え、各車の幅を決めています。今でも「5ナンバー幅」の車種が多くあるのも、主に取り回しの問題です。道路設計の基準である道路構造令では、「小型自動車」(4・5ナンバー)が通れることを最低限の条件としています。つまり、その幅を超えると、「一部の道路を通行できない可能性がある」ということです(実際にはドライバーの「腕次第」なのでしょうが)。駐車場でも、スペースの問題から「3ナンバーお断り」という場所がいまだにあるなど、3ナンバー化することで一部制約を受けることもあります。