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エアコン操作パネルのサイズもDIN規格になっているため、4段目（一番下）や3段目（下から二番目）に移動させることは可能です。
ただ、4段目はアウターパネルの形状が3段目より上のものと違い、下側が狭まっているためパネルを削らないとはまりません。
また、3段目でもエアコン操作パネルの配線が結構ギリギリだったため、4段目に装着する場合は配線の取り回しを変更する必要があるかもしれません。

ナビの取り付けパネルと配線キットですが、VW用または欧州車汎用のものが使えます。
汎用品より高いですが、996、986専用のナビ取り付けキットも販売されています。
http://black.ap.teacup.com/kiskis/80.html
↑の製品は4段目に対応したエアコン移設キットになっているため、4段目にエアコンを装着したい場合はオススメです。

ナビ本体の取り付けと配線は簡単なのですが、TVアンテナとGPSアンテナの配線を隠すためにピラーなどもバラす場合は結構面倒です。
自分はアンテナ配線を考えた時に心が折れたためショップに頼みましたが、エアコン移設＆ナビ取り付け一式で2万円ちょっとでした。店によって価格は異なると思いますが、工賃から考えてもそれほど難しい作業ではなかったのかもしれません…。


既に取り付けるナビを決めているかもしれませんが、オススメのナビはフロントパネル（モニター部分）の取り外しが可能なケンウッドのMDV-323です。
http://www2.jvckenwood.com/products/carnavi/mdv_323/index.html
自分は323の前のモデルの313を使っていますが、取り外したフロントパネルはひじ置き部分の小物入れにギリギリ入る（写真の向きでないとフタが閉まりません）ため、出先での盗難対策になります。
ナビの性能としては10万円前後のメモリーナビとしてはハイスペック（313が2010年の自動車用品大賞のナビ部門受賞）だと思います。



あと、986の純正オーディオはアンプ別体のため、アンプ内蔵のナビにすればフロントトランクの純正アンプとCDチェンジャー（こちらはオプション装備だったと思います）が撤去できるため、数kgの軽量化とトランクスペースの拡大もできます。
ちなみに、純正アンプはアンプ本体を撤去し、アンプに繋がっている入力と出力の配線を繋ぎなおせばOKです。
986のスピーカーは2.5cm、10cm、13cm各2つ程度のため、ナビやデッキの内蔵アンプでも不満なく音がなりますよ。