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質問者様がこのプリンタで写真印刷をされるのでしたら、iX5000で良いと思いますが
文字（普通紙）印刷が目的であればPX-1001をオススメします。

両機種の最大の差はカラーインクの性質。
黒インクは両機種とも顔料インクですが、カラーはiX5000が染料インクでPX-1001が顔料インクです。

染料インクの方が光沢感があり紙に染み込みやすいため、写真用紙への印刷には向いています。
一方の顔料インクは紙にインクを”乗せる”ように印刷するため、普通紙でも滲まない印刷ができるのが特徴です。

そのため、iX5000はモノクロ文字印刷もできる。写真印刷もできる。（ただし、黒染料インクを装備していないため、画質は低め）という機種です。
PX-1001は普通紙印刷に特化させ、写真印刷を度外視。（顔料用の写真用紙を使えば写真印刷もできますが、光沢感に欠けてしまいます。）

印刷コストに関してですが、カタログで公表している値は「写真印刷時」のコストです。
そのため、普通紙印刷に特化しているPX-1001のコストが高くなっていますが、普通紙印刷ではもっと良くなっていると思います。（実験した事無いので、具体的な値は分かりませんが。。。）

蛇足的ですが、PX-1001だけにある機能として「黒だけモード」があります。
カラーのインクが切れた際でも、最大５日間だけ黒インクだけでモノクロ印刷ができるため、急にインクが切れた際には便利な機能です。
黒インクを２本装備の点を見ても、文書印刷がメインターゲットの機種と言う事が見えます。


>>補足
>>写真を普通紙に印刷するのならば、PX-1001の方がよいですか？？
普通紙に写真を印刷する場合は、一長一短かと思います。

PX-1001で採用している顔料インクは染料インクよりも発色に劣るため、細かな色のグラデーション等は苦手です。代わりに耐水性や耐ガス性などの保存性は抜群ですので、普通紙のビラ・チラシ類の印刷には向いているでしょう。

iX5000で採用の染料インクは前述の通り、普通紙に染み込み滲んでしまうため、細かな部分の再現度に劣ります。（良い上質紙を使えば、滲みはある程度は抑えられると思いますが。）
加えて、黒顔料インクをカラー印刷で使えないため、カラーインクを混ぜ合わせて黒を表現します。そのため、明るい黒（灰色っぽい色）になってしまうため、夜景などの黒が多い写真は苦手です。