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>先頭のパーテーション以外が有効になりません。

ソフトの問題ではありません。先頭のパーティションしか使えないのはWindowsの仕様です(注1)。EASEUS Partition Master でUSBメモリのパーティションを分割する際に「先頭のパーティションしか使えなくなるけど, それでもいいのか?」というメッセージが出ますが, お読みになりませんでしたか?

(注1) Windowsの中で唯一WindowsMEだけはパーティション分割されたUSBメモリの後ろのパーティションもマイコンピュータに現れるので使える。

Windowsでパーティション分割されたリムーバブルディスクを使うには「リムーバブルディスクのローカルディスク化」という裏技を使う必要があります。

----------ここから引用---------
デバイスマネージャの「ディスク ドライブ」にある、USBメモリのプロパティを開く。
「詳細」タブのドロップダウンから「ハードウェアID」を選択し、表示される文字列の1行目をメモしておく。
Hitachi Microdrive Filter Driver をダウンロードし、適当なフォルダに展開する。
Hitachi Microdrive Filter Driver を展開したフォルダにある cfadisk.inf を開く。
cfadisk_deviceという行の下に

%Microdrive_devdesc% = cfadisk_install,○○○○○○○○○

という行を追加して保存する。(○○○○○○○○○の部分に2.でメモした文字列を入れる)
デバイスマネージャの「ディスクドライブ」にある、USBメモリを右クリックし、「ドライバの更新」を選択。
ハードウエア更新ウィザードが開始されるので、「いいえ、今回は接続しません」を選択し、次へ。
「一覧または特定の場所からインストールする（詳細）」を選択し、次へ。
「検索しないで、インストールするドライバを選択する」を選択し、次へ。
「互換性のあるハードウェアの表示」にチェックが入っていることを確認し、「ディスク使用」を選択。
ファイル選択画面が表示されるので、5.で書き換えた cfadisk.inf を選択し、次へ。
ドライバのインストール作業が開始されます。途中で2回ほど警告が出ますが、そのまま「はい」→「続行」と進みます。
インストールが終了すると、再起動を要求されますので、そのまま再起動します。
---------ここまで引用---------
http://orz.kakiko.com/kaeru/usbboot/xp_usb_boot.html#CLEAN_INSTALL

これに成功すると

・USBメモリのパーティションがWindows標準のディスクの管理で操作できる
・USBメモリの削除したファイルがゴミ箱に入る
・MicrosoftVisualStudioのようなリムーバブルディスクにインストールできないソフトが, USBメモリにインストールできる

ようになります。ただしWindows7では日立のドライバーが動かないという情報がありますが, 私はWindows7を持っていないので未確認です。

下図はローカルディスク化したUSBメモリをDドライブとEドライブに分割したところです。