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相性問題は先の方の回答を参考にしてください。
私の見解では特に問題はありませんが。
特に電源が大きいあたり、安定性が確保できていると思うのでなかなかいいと思いますよ。

メモリの構成はどっちでもかまわないと思います。
私はなんとなく1Gを4枚積んでますけど、2G×2の方が割と一般的ですね。
お金に余裕があればDDR3メモリで組むことをお勧めします。

動画のエンコをするのでしたらクアッドでも良いかもしれません。
動画のエンコの速度は特筆ものです。
デュアル以下に最適化されたゲームでも高クロックデュアルコアと比べて、こだわる人でないと実感できないくらいの差(普通の人では体感しにくい差)しか出ませんし。
最近の重量級のゲームはクアッドに最適化されている場合が多い(カプコンとか特に)ので個人的にはクアッドをお勧めします。
クアッドコア使ってるとデュアルコアがとてもちっぽけに見えてくるという脳内麻薬も生成されますし、何よりCPUメーターが4つ表示されるとカッコいいという快感が生まれます。(笑)
価格は高くなりますが、Q9450か最新のQ9650とか良いですね。
Q9450は私はゲーム用メインマシンで使ってますがcrysisやロストプラネットなどのハイエンドゲームもサクサクです。
最新のQ9650はとうとう3Ghz(一昔前のExtremeと同じクロック)に突入したのでデュアル動作のゲームでも同じクロックのE8400と変わらない動作をすると思います。
まぁ、値段がQ9650はこの前出たばかりでまだ高いのでアレですけどね。
デュアルならE8400ではなく思い切って最新のE8600が良いですよ。
まぁこれもまだ高いですけどね。
これのおかげでE8500とかが値下げしてくるかもしれませんけど。

あとゲームをするのならリテールクーラーではなくしっかりとしたCPUクーラーを買っておきましょう。
リテールものでゲーム中にうるさいのは頭にきますのでしっかりと廃熱してくれるものを選びましょう。
ゲーム中に熱落ちしたら悲しいですし。
私はクーラーマスターの風神鍛 RR-CCH-PBJ1-GPを使っています。(名前買い)
サイズの刀2 KATANAII SCKTN-2000なんかもお勧めです。
なぜだか知りませんがCPUクーラーは名前がかっこいいです。

グラボは9600GTと8800GT比べた場合は若干8800GTに軍配が上がります。
その代り爆熱でゲーム中に付属のファンが「フイィィィィン!」とうるさいです。(特に夏)
8800GTにするのならば冷却性の高いオリジナルクーラーがついているものか、別売りのＶＧＡクーラー(補助クーラー)を買いましょう。
9800ＧＴの現行ロットも性能も発熱も大して変わらないようです。(今のところ中身は8800GTと変わらないそうなので)
9600GTならば静かなので補助クーラーはいりませんね。
しかし長時間のゲームやハイビジョン動画の鑑賞により熱暴走することも考えられますので、発熱の低い9600GTといえども夏は気をつけましょう。

9600でも一応最新の重量級タイトルでも動きますが、末永く使ったりクオリティを求めるならATI RADEONのHD4870が良いでしょう。
価格の割にはとんでもないスペックです。
もっと価格を抑えるならHD4850が良いでしょう。
とにかく安くてスペックが高いです。(8800GTなんて話にならかも)
ただし、GeForce系に最適化されたゲームでは100パーセント力が発揮できません。(ゲームの箱とかにGeForceマークのあるものとか特に)
最適化されたゲームをやっているとHD4850があまりに不憫で悲しくなってくるとの友人談です。
GeForceなら最新のGTX 260なんかもいいです。
最近値下げされたと言っても、1からPC組む時にはまだ値段的に敷居が高いような気がするのでお金に余裕があるのなら買うと良いですね。
もしくは260や280の影響で値段の下がってきた9800GTXなんかを狙ってみるのもいいかもしれません。
電源はしっかりと大きいものを積んでいるようなので上記のGPUを搭載しているグラボは一枚構成ならすべて問題なく動くと思いますよ。
もちろんクーラーをつけても余裕かと。

最後に言いたいこと
さすがにこの辺は予算、具体的にやりたいゲーム、どのくらいのククオリティでプレイしたいかによって大きく変わってくるところなのであまりズバリとは言えません。
私のメインマシンの場合メーカー品のPCを組み替え(マザボ以外全部)てＧＴＸ280を積んではしゃいでる末期症状なわけですが、自作PCは特にハマってしまうととどんどんディープな方向へ行ってしまうのでほどほどにしましょう。
余ったパーツとかをティッシュケースとかに入れて、ケースのないパソコンを作ってみたりだとか変な方向にもいかないように気をつけましょうね。(これはだいぶ前に雑誌であった企画で、最近実勢んしてみた私がいる)

参考になれば幸いです。