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LenovoのノートPCでは、元からファンクションキーとFnキーを押した時の機能が逆になっているモデルが多くあります。どうも日本出荷用のモデルだけのようです。

これはレノボジャパンの公式見解で、日本ではファンクションキー本来の機能より、Fnキーを同時に押した場合の補助機能の方がよく使われる為、としています。（個人的には余計な心配だと思いますが）

ThnikPadシリーズではおっしゃるようにBIOSの設定でこれを逆にする（本来の状態にする）ことができるのですが、Z500にはBIOS内にその設定項目がありません。
ですので残念ですが、Z500では切り換えることができません。本来のファンクションキーの機能を使う場合はFnキーと同時に押して使うことになります。それ以外の方法がありません。
これはハード的な設定なので、Windows上のソフトなどでは制御できません。BIOSで制御できないとなると、切り換えることが一切できないということになります。
Z500でファンクションキーの本来の機能を使う場合には、Fnキーを押しながら使用してください。これ以外の方法がありません。