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カメラに付属していた無料ソフト「ViewNX 2」のヘルプに書かれていますよ。
「ファイルやフォルダーの名前を変更する」というところです。
そのなかの「複数画像の名前を変更する」のやりかたでできます。

フォルダ内のファイルを全て選択すれば一括して変更可能ですね。
失敗しても何度でもやり直せます。

これは過去に撮影したものを変更するやり方ですが、
撮影直後、パソコンに取り込むときに一括して連番にするには、
これも無料ソフトの「Nikon Transfer 2」を設定すればできます。
あとは、決めたルールで自動的に連番にしてくれます。


追記
「どのみちdsc_9999の次はdsc_0001になってしまいます」
と書かれている人がいますが、
数字部分は4ケタである必要はありません。
ViewNX 2では8ケタまで可能なので、
普通の人は同じ数字（同じファイル名）にはならないでしょう。
（ケタは多すぎない方がいいでしょうけど）

それに「dsc」の部分は任意の文字に変更できるし、
つけないことも可能です。

「また同じメーカーのカメラを何台か使っていると同じ名前がでてきます。フォルダが別なのであまり気にしなくてよいと思います」
とありますが。
同じメーカーの違うカメラであっても、
一貫したファイル名で管理できるし、そうすべきでしょう。
ファイル名は独立したものとして、同名を避けるのが常識ですね。