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スキャナの設定でプリセットの解像度から選ぶ場合、ウェブで見るだけの画像を作るなら、100dpiくらいで大丈夫ですよ。
この解像度では印刷するには向きませんのでそこは覚えておいてください。
解像度を高くしてスキャンすると、画像も細かくてきれいですけど、ウェブでちょうどいい大きさ（一辺が1000ピクセル以下）にするには結局縮小することになっちゃいます。

スキャンしたものは、汚れとか影とかも写りこんでいてムラがあったりしますので、クリスタで開いたら、編集→色調補正で、レベル補正などを使い、白い部分が真っ白になるように調整してください。
線画も好きな濃さになるように調整します。

きれいにしてから、
編集→輝度を透明度に変換 をしますと、白い部分が透明になり、グレーは半透明になり、カラーを塗るのに便利な線画レイヤーになります。
透明な部分は、グレーと白のチェック模様が見えてしまいますので、
レイヤー→新規レイヤー→用紙 で、
「用紙」という白い下敷きレイヤーを作っておくといいです。

デジ絵の塗り方など細かいことについては、クリスタの公式ページに「使い方講座」というのがあるので、そちらをよく読んでみてください。
「はじめての～」シリーズから読むといいですよ。

CLIP STUDIO PAINT 使い方講座 | CLIP
http://www.clip-studio.com/clip_site/howto/library/categories/view/clipstudiopaint

pixivやTwitterにアップするなら解像度は関係ありません。

解像度とは印刷する時設定するものなのでpixiv等のwebサイトにアップするときは必要ありません。

webサイトにアップするときは大きすぎるピクセルサイズは避け容量を注意すれば問題ないでしょう。

webサイト用なら二値化する必要はありません。
二値化とはモノクロで書いた物を印刷する時に必要な処置ですのでカラーモードがRGBしか扱えないwebでは意味がありません。


スキャンしたものを取り込んでクリスタで色を塗るなら線画抽出だけで十分です。
線画抽出はメニューの編集→輝度を透明度に変換で出来ます、が、背景に白とグレーの市松模様（この模様は背景が透明を表す）が出ますのでレイヤー→新規レイヤー→用紙で用紙レイヤーを作ってください。

また、CLIPSTUDIOPAINTは発売されてまだ2年のソフトですべての機能が整ってませんので教本が少ないです。

http://amzn.to/1uY8ohs
http://amzn.to/1uY8rJZ

公式の講座もまだ充実していませんが少しは役に立つでしょう。
http://www.clip-studio.com/clip_site/howto/library/categories/view/clipstudiopaint

皆さんの回答以外の追加で・・・
スキャナは大きく分けて、二つ接続方法があって、TWAIN接続機器とWIA接続機器があります。
クリップスタジオはTWAIN接続機器を利用するので一番上のものですね。

ただ、低解像度でスキャンするのであれば、またクリップスタジオEXの連続スキャンの機能を使わないでしょうから、WIA接続でも問題は無いです。
両方試してみましょう。ちょっと画面が違うはずです。
スキャンはソフトの機能では無く、ただスキャナ機器をひっぱってきているだけなのです。

線の補正方法は慣れてくると自分の線画に対しての補正値が判ってくるので、色々とやってみましょう、慣れが必要です。

言われているガタガタは低解像度のキャンバスを二値化するとそうなってしまうので低解像度で描く場合はアンチエイリアスは付けた方が良い気がします。
周りのブツブツ？も低解像度だと思いきった補正ができずそうなりがちです。白を自動選択すればブツブツと線画以外が選択されるので選択を反転させてそこから消しゴムで消すのが楽でしょう。
高解像度の方がゴミは消しやすいです。