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載せ換えしてからその症状が出てきたということは、何かの付け間違い・付け忘れである可能性が高いと思います。
ハンチングは何回転からどれくらいの振れか明記されていないので何とも言えませんが、スロットルポジションセンサー（TPS）を一度バラしたのであればそこの調整不十分という可能性も。
そもそもハンチングとは何かの原因でエンジン回転が上がるところ、TPSを含むセンサー類で異常と判断して回転を落とす事の繰り返しで起こる事がほとんどです。なので他の回答者様からある「ホース抜け」も当然考えられます。
アルテッツァのスロットルにはISCVは付いてなかったと記憶しています。すべて電子スロットルのバタフライの微調整でアイドルコントロールしているはずです。
スロットルボディのカプラーとはおそらくTPSのカプラーだと思いますが、そこを外して症状が変わるということは、その辺りが原因になっているのではないかと思います。
あと以前私がJZX110の電子スロットル加工をしている時に、スロットルボディのスクリューアジャスタを変に調整してしまい（バタフライを開く方向に調整）ハンチングが出た事があります。それらも視野に入れてトラブルシュート頑張ってください。