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1.については、車椅子を固定するための装置が装備されている数をカウントするはずですので、車椅子は無くて構いません。
なぜなら、車椅子はその車両の一部ではなく、乗る人間の手荷物として扱うからです。だからこそ、車両総重量にも車椅子の重量は含まれておらず、「定員1人=55kg」のうちに含まれているものとして計算されています(現実には55kgでは済まないことが多々あるでしょうが)。

2.についてはおそらく、実際には「特殊車両だから」ではなく、「改造車両だから」でしょう。
保安基準には、「型式指定を受けた車両と同一の(もしくは類似の)構造なら車検はそれでOK」という項目がたくさんあります。逆に言えば、元の車両を改造して構造を変えた場合には、その部分が「型式指定を受けた車両と違ってもこの基準を満たしてればいいよ」という規定に従っていることを証明しなければいけません。もちろん、特殊車両として認められるための「特殊な設備」についても、その専有面積など保安基準との照合が求められることもあります。
検査官が特に指摘せずスルーということもあるのでしょうが、指摘される可能性を考慮してあらかじめ必要な資料を揃えるためには、通常のユーザー車検より多くの知識が必要になるでしょう。