質問者が納得3.0として認識しないというのなら、ここに解決策があります。マザボの型番は違いますがやることは一緒です。
http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n174859
USBデバイスとして認識しているが開けない場合は、別のUSBポートに挿し変えてテストして下さい。
それでだめなら外付HDDのUSBコントローラの障害の可能性大です。
補足に対して
デバイスマネージャーに「USB3.0」として登録されていますか?他の欄に「不明なデバイス」として表示されていませんか?
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