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FDのパワー系のチューニングとなると、一般的にはブーストアップとタービン交換という2種類の方法が考えられますが、5型以降のFDだと、エンジンのコンディションが限りなく良好な場合なら、ブーストアップだと丁度目標とされている馬力付近までが狙える範囲となり、それ以上を求めるとなるとタービン交換という形になってきます。

質問者さんのFDは最終の6型とはいっても、発売から約10年経がちますので、カタログ値どおりの馬力は恐らく出ていないという考え方は正しいかと思います。
このため、まずパワー系のチューニングを行う前に、エンジンのオーバーホールやリビルトEG換装などを優先して行うことを考えたほうが良いかと思います。
エンジン本体を疎かにしてしまうと、せっかくパーツ交換を行っても性能を発揮できなかったり、最悪は上昇したパワーにエンジンが耐えられないといった可能性もでてきますので、一番重要な部分かもしれません。

そして、エンジンのコンディションを整えた上でのチューニングになりますが、目標馬力からするとブーストアップレベルで良いかと思いますし、予算的にもタービン交換に比べて安価です。
パーツ交換を行っていく部分としては、大きく分けて、吸気系、排気系、冷却系、燃料系（CPU）の4項目ありますが、ブーストアップで目標馬力までパワーを高めるには、これらの箇所を隈なく交換していく必要があります。
具体的には、エアクリーナー、フロントパイプ、触媒、マフラーをできるだけ効率の良い物に交換すると共に、インタークーラーも大容量タイプに交換し、これらのパーツ交換に併せて、チューニングCPUを用いて現車セッティング（ブーストアップと燃調合せ）を行えば、恐らく目標馬力には届くかと思います。

交換を行っていくパーツの順番については、特に決まりは無い（一般的には吸排気系から手をつけるかと思います）のですが、注意する点として、各パーツ交換を行った際にはできるだけCPUのセッティングも併せて行うことが重要です。
これはFDの場合、他車に比べてマフラー交換だけでも燃調が薄くなって、エンジンにダメージを与えてしまう恐れがあるからです。
もちろんショップなどでセッティングを行うには、その都度お金がかかりますので、予算的にも一つパーツを交換するごとにセッティングを取りなおすということは厳しいかと思いますので、少しでもリスクを避けるならできるだけまとめてパーツ交換を行い、それに伴ってCPUのセッティングを行ったほうが望ましいかと思います。

最後にパーツ交換のお勧めとして、インタークーラーを交換するのなら、FDの弱点である熱対策のため、できるだけVマウントを導入したほうが良いです。
また、CPUについては、セッティングを扱えるショップの多さとコストパフォーマンスから、アペックスパワーFCをお勧めします。

長文になりましたが、参考になれば幸いです。

【補足に対して】
エンジンのオーバーホール等については、FDが既に10年前の車両ということから考え、くたびれているのではという想定から必要と回答したものです。
もちろん車両ごとに個体差もありますし、距離を走っていない、荒い走りをしていないなど、消耗が少ないようでしたら、必ずしも必要ではありません。
ただし、こうした状況だけで確実に判断することはできません。
このため、ロータリーの場合はエンジンのコンプレッション測定により、調子が良好かどうかの確認材料とすることができますので、メンテナンスという意味も込めて、まずコンプレッションの測定をされてはどうでしょうか。
測定された結果で、圧縮値が低かったり、各室のバラつきが目立つようなら、オーバーホールが必要な一つの目安になるかと思います。

オーバーホールとリビルトエンジンについては、最終的な違いはありませんが、オーバーホールは自らのエンジンを分解調整し、リビルトエンジンは、分解調整済みのストックエンジンを載せるものとなります。
それぞれの特徴としては、オーバーホールは分解調整したい部分を細かく指定することができたり、サイドポートといったチューンド加工も同時にお願いすることができるなどのメリットがありますが、調整部分を細かく指定できる分、作業工賃や価格は高くなります。
反対にリビルトエンジンは、既にオーソドックスな内容でオーバーホールされた他のエンジンを換装するため、自ら細かく調整箇所を指定することができませんが、その分オーバーホールに比べて安価かと思います。
また、マツダディーラーに作業をお願いする場合は、オーバーホールはしてもらえないので、リビルトエンジンのみの扱いになります。
それぞれの工賃については、お願いするショップによって様々ですが、オーバーホールが約40万円、リビルトエンジンがそれ以下といった価格が一般的かと思います。