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私は4Videosoft 動画変換 究極を使っています。このソフトはMOV、WMV、MP4などの動画形式の間で高品質に互換できます。特に、出力ファイルとして、ビデオの解像度などを自分のニーズを応じて設定できます。
直感的なインタフェースを持ちますから、初心者でも簡単に使えます。
とても使いやすいソフトだと思って、無料試用もでき、お役に立つかもしれません。

>XMedia Recodeはプロファイルが品質などの設定にあたるかとおもう
違いますよ。プロファイルを選択した上で。「ビデオ」タブなどから設定を行います。

基本的には任意に高画質で変換したい場合は、プロファイルを「カスタム」にして【形式】をMP4やWMVに設定→「ビデオ」タブなどからコーデック他、各種設定を行います。

WMV形式の場合、XMedia RecodeはWMV8までしか対応していませんので、元のファイルよりもかなりビットレートを高くしないと劣化すると思います。

MP4形式の場合はコーデックをMPEG4 AVC/H.264にすれば、元の動画と同程度以上のビットレートにすれば目立つような劣化は生じないかと思います。（レート調整モードは2pass平均ビットレートが良いでしょう）

他に注意すべきはフレームレートと画面サイズ（XMedia Recodeでは【解像度】と表現。クロップ/プレビュータブ）を元動画と同じ値に設定することです。

その他細かな設定は沢山ありますが、とりあえずはデフォルトのままで構わないと思います。

ただ、
>YouTubeの１９２０×１０８０ FULL HD MP4という設定で変換しましたが、やはり元より解像度が落ちていました
は何かの間違いではないかと思います。
>ニコンD800で撮影した動画
ならば最大でも1920×1080のはずですから、1920×1080にエンコードして解像度が落ちるということは考えられえませんが・・・

汎用性を言えば そのＭＯＶって Ｈ．２６４ですよね？
ＭｏｔｉｏｎＪＰＧなどのＭＯＶではないですから、現在のＰＣにおいては、汎用形式に近い・・・ ＷＭＶにするよりは扱いやすいかと思います。
何が何でも なら、http://www.softonic.jp/s/mp4-h.264-%E5%A4%89%E6%8F%9B-%E7%84%A1%E6%96%99 あたりはフリーウエアーになります
でも、ニコンさんの ファイル管理ツールに ＭＰ４や ＶＩＤＥＯ化のツールついてなかったのかな？？？
どのツールを使買おうが、エンコードすると、必ず劣化します。 ＡＶＩ ＭＰ４ ＡＶＣでも Ｈ．２６４コーデック利用は、劣化は少なくて済みますが、他に変えると、大きく劣化します。 ＷＭＶはそのままでは、それなりには見れますが、変換したＷＭＶを元に変換すると、他の形式のものに比べると、大きく劣化する結果になります

iSofter 動画変換というソフトを試してください。
簡単な操作動画を高速高画質で相互変換できます。

iSofter 動画変換でぐぐればサイトがヒットします。無料でダウンロードして試用可能です。

MOVファイルを可能な限り高品位でWMVやMP4などに変換したい場合、分かりやすい変換手順はhttp://www.dvdfab.jp/video-converter/mp4-video-converter.htmまでに参照してください。

DVDFab 動画変換をお試しください。
無料ダウンロード先：http://www.dvdfab.jp/download.htm

MOVファイルをWMVやMP4などに変換したいですよね。。「Any Video Converter Ultimate」というプロ動画変換ソフトがオススメです。有料ですけど、パワフルな機能が搭載されて、変換するとき、品質を落とさない。。
高速高品質をWMVやMP4などに変換できます。しれに、動画の画像度も変更も可能です。
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