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1. 白い紙をスキャンしてみて、全体が黄色っぽい
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キャリブレーションがずれています。

2. 白い紙のスキャンでは白くても、色が付いた絵をスキャンすると、色の部分が黄色っぽく見える。
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色相がずれていると思います。


購入したときから、その状態だったのなら、不良品の可能性があります。
購入店に相談して交換・修理してもらうか、Canon のサポートに問い合わせてみてはいかがでしょうか？

購入したときは問題なく、最近おかしくなったのなら最初に説明した事が起こっていると思います。
CanoScan 9000F は良く知りませんが、不具合が起こったときの対処方法が、ユーザーガイドや電子マニュアルなどに記載されていると思うので、まずはそちらを確認してみてください。

※色相がずれているようなら、スキャンドライバーの「拡張モード」で、色相調整が出来ると思います。
電子マニュアルに説明があります。