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キーレスエントリーとは
車のキーをシリンダー（鍵穴）に差し込まなくても離れた場所からドアのロック、アンロック機能を持ったものを言います。
スイッチを押すだけで手軽にドアのロック･アンロックができ鍵を鍵穴に差し込んで開けたり閉めたりする手間を省けます。
現代の多くの車には標準装備されており、何気なく日常で使っている方も多いのではないでしょうか。
キーフリーシステム
キーの差込み操作なしで、またキーのボタンを押さずに鍵を身につけた状態でドアの解錠・施錠から、エンジンの始動・停止まで行える進化型のキーレスエントリーシステムのことを言います。

本題に入ります。
少しややこしいですが、まず水没した時の状況はどうでしたか？
おそらく車をキーレスでロックして鍵をズボンに入れたまま洗濯してしまったとかではないでしょうか？
その場合、キーレスでロックしている＝セキュリティがかかっている状況です。
この状況で鍵穴に鍵を指して開けるとセキュリティがかかった車を開けているのでセキュリティが作動します。
これがキーレスを使ってアンロック（鍵が解除されている）されている状態で水没させた場合、車の鍵はキーレスを使って開けている状態での水没なので当然セキュリティはかかっていません。
また鍵は開いているので普通にエンジンをかけられます。
毎回なるということは恐らくキーレスでロックした状態で水没させているのでセキュリティがかかったままになっていると思われます。
エンジンをかけるとセキュリティは止まりますが、エンジンを切って鍵を閉めると水没する前の状態（キーレスでロックしてセキュリティがかかった状態）にまた戻っているのではないかと考えられます。
多分バッテリーの片方を外してしばらく放置してまた繋げたら大丈夫なのかなって思いますが、ディーラーに持って行って詳しく状況を説明してもらうのが確実だと思います。
中古品のキーレスで再設定して貰ったら安くでまたキーレスが使える様になりますし、現象を解除するだけならその場で簡単に解除してもらえるのではないでしょか