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ＡＦの設定は何にしていますか？
すべてＡＦの設定によって、画面の中央部分でピントを合わせたり、手前でピントを合わせたりする様になります。
任意の場所にピントを合わせたい場合は、何種類か方法はありますが、覚えておいた方が良いやり方としてはレンズ左側のＡＦのボタンを押しながら、前側のダイヤルを回して、フォーカスポイントをＳに設定します。
ＡＦモードはどれでも構いません。
次に液晶右側の中央にＯＫと書かれたボタンのダイヤルを『・』側に回しまし（『Ｌ』だとロックがかかります）、ファインダーをのぞきながらシャッターボタンを一度反押しして、赤く表示されるフォーカスポイントをピントを合わせたいところに持っていきます。
それで再度シャッターボタンを押すとフォーカスポイントの部分だけで、ピント調節が行われます。

次に明るさですが、ファインダーを覗いた時にＦ４．５の表示が点滅していませんでしたか？
Ｄ７０００では、「Ｆ値の点滅はシャッタースピードが速すて、明るさを確保できない」と云うアピールです。
モードはＰではなく、Ｓになっていませんか？
Pだと余程暗い場所でなければこの表示は出ないのですが。
モードがＳでも、シャッタースピードをＦ値が点滅しなくなるまで下げてやれば問題なく写るはずです。
それでもダメなら露出補正です。
シャッターボタンの右下の『+/-』ボタンを押しながら、背面液晶側のダイヤルを回し、+側に数字を大きくすれば明るくなります。
もしかしたら、この露出補正を何かの拍子にマイナス側に回してしまったのが暗くなる原因かも知れません。
チェックしてみてください。

ピントはMFで合わせてください。
モードはＡモードが良いでしょう。F８ー11でシャッタースピードはオート。
露出は＋補正をしてください。＋１と＋２で撮り比べてください。

ボディの脇（向かって右側）にレフ板をおくと良いですが、レフ板がなければアルミホイルでも代用できます。Ａ４くらいに切って、ブックエンドか何かで立てかけると良いでしょう。
対象がカメラだけなら、レフ板がなければコピー用紙で代用しても良いけど、Macのボディの色にも影響するので、アルミホイルの方が良いでしょうね。

レフ板（または代用品）を使うと明るくなるので、露出補正はなしか、＋１で良いと思います。

＞丸で囲んだ部分にピントを合わせようとしているのですが、なかなか合わず、…

こんなことで悩むくらいならMFで撮ればいいのではありませんか？ AFでないとダメな理由があるんですか？

ピントの質問をしているにもかかわらずAFの設定を全く書いていません。どんな設定で撮っているんですか？

＞この場合、どこにピントを合わせてどの撮影モードで、…

D40にピントを合わせたいんですよね？ D40にピントを合わせてくだだい。撮影モードは関係ありません。

＞全体的にもう少し明るく、写るのでしょうか?

これがわからないのなら取扱説明書や下記リンク先を読んでください。答えを書くのは簡単ですが、あなたにどれくらいの知識があるのかわかりませんし、ここで答えだけを聞いてもこの先また同じ質問を繰り返すことになります。

http://www.nikon-image.com/enjoy/phototech/manual/

コントラストが無いとピントが合いにくいです。
ＡＦが無理ならＭＦで合わせればいいです。

明るく写すには露出補正をプラスするか
マニュアルで明るく写るようにすればいい。
具体的に言うと
ピントを全体に合わせたいみたいだから
絞りはＦ１１にしてシャッター速度を遅くして好みの明るさになるように調整する。
ＩＳＯ感度を上げてもいい。
画質を良くしたいならＩＳＯ感度は低くしておいて
シャッター速度を遅くする方がいい。
三脚で固定して行えばいい。

オートフォーカスは一般的に、真っ白とか真っ黒などの色のコントラストがない被写体はピントが合いません。

D40にピントを合わせたい場合は、Nikonのロゴかシャッターボタン周辺の操作ボタンにピントを合わせてから、シャッターを半押しのまま、あなたの希望の構図にしてシャッターを押します。（これはフォーカスロックと言います。一度ピントを合わせて、D40とD7000との距離が同じであれば、構図を変えてもD40はピンボケしません。）

ピントを合わせたい場所がどうしても色のコントラストがない場合等AFでピントが合わない場合はマニュアルフォーカスに切り替えてピントを合わせて下さい。


写真の明るさですが、露出（シャッタースピードと絞り）について勉強して下さい。ネットや本などで色々説明されているので、色々読むうちに理解できると思います。

この写真は室内かと思いますが、絞りを開いても少し暗めに写ると思います。

手ブレしないように三脚に固定して、露出モードのシャッター優先オートで、シャッタースピードを遅くすると明るい写真が撮れます。

勉強のために、一段ずつシャッタースピードを遅くすると、段階的に明るくなるのが理解できます。

露出補正をプラスにするという手もありますが、これもシャッタースピードが遅くなるので三脚が必要です。

シャッタースピードを早く撮りたい場合は、実際に部屋を明るくする必要があります。スピードライトを使うか照明を明るくする等。（シャッタースピードが早ければ手ブレしません）

これも露出（シャッタースピードと絞り）を理解できれば、写真の明るさもコントロールできますょ。

6400でその暗さだとシャッタースピードを遅くするのがいいでしょうね。

それかWBを蛍光灯モードにしてみるとか。多少いじるだけでもだいぶ変わりますよ