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かなり無謀なチャレンジですね。
よくスワップすると質問者さんのような、ハーネス系でのトラブルがあります。
まず、双方の電気系配線図を入手することです。
現在の車は、米国の通達によるCAN（OBDC）などの義務ずけにより、全くかかわりがなさそうなエアコンやスピードメーターなどの通信ができないだけでエンジンが掛からないなどあります。
まずは、エンジンだけのスワップなのか？CPUごと交換じゃなければエンジンそのものの制御が異なるので稼働しないと思います。スワップ前の車のハーネスすべてを移植することが近道ではないでしょうか？
そして、単位ごとに電気が通じているか？
何に使用しているかわからないハーネスならなおさら、確実に移植するしかありません。
ハーネスは車両に合わせた配線です。短かったり、余ったりするでしょうが、確実な配線しなければ、配線の内部抵抗を前提とした配線も行って、各センサーのデータをCPUに送っている可能性があります。
できる限り配線（ハーネス）は、切ったり、繋げずに、そのままカプラー単位で結線するようにしたほうがいいです。
走行中に漏電したりして事故の元になるでしょう。
では、すばらしいEGシビックタイプRを目指してがんばってください