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D60では連写速度が非常に遅く、凄く不便です。
フォーカスポイントの少なさも気になりますし、画質の悪さも目立ちます。
との事ですが、鉄道写真で走行写真と言っても、AFで連写し続けた所で良い写真にはあまり繋がらないですよ。
まして置きピンするのであれば、「連写」は出来ない訳で、想定している撮影の状況が見えないです。
画質が悪いと言う事もそうですが、どう言う写真と比べて画質が悪いと思うのでしょうか？
別に中級機を増やす事がダメと言う事ではなくて、今の機材が使い切れていない様な気がするだけなんですけどね。

現状で、セットレンズでの購入をされているのですから、メーカーの乗り換えをしてもセットレンズを購入するのであれば、現場の明るさや状況に対するレンズの対応は同じであって、メーカーの乗り換えは全く意味をなさないでしょう。
かといって、ちょっと良いレンズにすると言っても、ニコンD60だとAF-S仕様のかなり高いものでないと動いてくれません。
また、それに替えたからと言って、約二絞り程明るくなる事が条件的に良くなるだけで、若干暗い状況に対応できる様になるだけの事です。
夕暮れの中を走り行く列車を撮るとか、早朝まだ明け切らない中での撮影以外、日中であればそう困る事は現状でもないはずです。
またD60でもISO400程度でそう荒れるとも思えません。ブレを恐れるあまり必要以上のISO感度にし、無理にシャッター速度を上げた結果「画質が悪い」と言う意見に成っているのではないでしょうか？

質問から鑑みて、D7000とかD300辺りがお勧めですが、それに替えたからと言って目が覚める様な高画質で素晴らしい写真になるとは思えません。
ただ欲しいと思うのであれば購入してそれに見合う技術を磨くべきでしょう。
まず技術的成立が無ければ、高いカメラでも自分が理想とする写真は撮れません。