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故障は信頼の置けるお店で買えば、ほとんどありません。
強いて言えば、ウォッシャータンクが壊れやすい事かな？

良い点は、沢山ありすぎて書ききれないです。

故障はE46に限ったことではありませんが、ウォーターポンプ、ラジエター等の水廻りですね。社外品で直せば安価で直せます。あとは外車の得意なショップや整備工場と付き合うことです。今時は診断機を持ってないと話になりませんから。外車用の診断機は持ってるとこが少ないので。
良いところはボディ剛性でしょうか。かなりの事故でもキャビンは無事だったりします。あとは軽いのでパワーウェイトレシオに優れた、排気量のあるグレードにしましょう。シルキーシックスの駆け抜ける喜びは、3シリーズが一番だと思います。ビルシュタインのBTSキットを入れるとコーナリングマシンにもなります。
それから左ハンドルにしましょう。左ハンドル設計の車を無理やり右ハンドルにしてるので右だと足元が窮屈です。重量バランスも左で計算してるので右だと崩れます。

すぐ修理しないと乗れない種類の故障としては、窓落ち、エアフロ(BMWではエアマスと呼びますが)センサー不良による回転不安定位ですかね。特に後者はひどくなると、信号待ちで、ブレーキを力いっぱい踏んでいても、車が動いてしまう位、波打つので危険です。
その他、足まわりのブッシュ劣化なども早いですが、切れて無くなるほどひどくなければ、しばらく乗っても大丈夫です。
しかし、よくできた敏感な操作系のせいで、違和感がすぐ出て、変えずにいられなくなります。
今、E46を購入する意義は、かつてBMWの代名詞のように言われたシルキーシックスが100万そこそこで買える事に尽きると思います。4気筒も食わず嫌いなだけかも知れませんけど、スポーティーに走っているつもりでも、エンジンルームから聞こえて来る音が、乱暴運転の営業車と基本的に同質であるという点を考えるとどうも ？ですね。

320Mスポを新車から7年乗りましたが、とてもクイックなのと2200cc、6気筒のエンジンフィールはとてもよかったですよ。

以下、私の経験した故障ですが、
5年目でサンルーフとパワーウインドウが2箇所故障。残りも時間の問題と言われ5箇所すべてを修理。ディーラーにすべて部品が揃っていてものの2時間で修理完了するも、25万円也。「本来クレーム処理でしょ!」って言ったら半額になった。(笑
6年目で謎のエンスト2回の後、イグニッションコイルが故障し、5気筒車になり修理。
(これはE90でも故障した。)
7年目でラジエターのプラスチック製サブタンク破損で修理するも、家族の反対に合い売却。

個人的にエアコン、パワステホースが１０年経っても壊れません。現在８万㎞…ですので中古車も修理されておらず、購入後にお金がかかるかも？あとはブレーキローター、センサー、位では？ロアコンブッシュも結構切れません。もう運転席シートがダメですね（笑）ブレーキマスター、キャリパーＯ/H、ブレーキホースもやってない車両が多いかもしれません。私のも放ったらかしです。
良い点は、急発進しないので安全性が高いです…お正月にチノパンが轢き殺す事件ありましたよね？女性がパンプスで運転したら、どれくらいアクセル踏んでんのかわからなくなり、ガバッと踏んで気が付いたら人を轢いてたって車を作っちゃいけないと思います。Ｅ４６はＳモードにしてベタ踏みしなければ安全性が非常に高いです。買うなら後期型ですよ。

BMW乗りです。E90だけど・・・

その手の質問はですね、知恵袋よりokwaveのuraryoushiさんが抜群にナイスな回答をされています。（この方は整備士です）

いちど、ざらっと一読されることをおすすめします。
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/6957184.html

E46(とくに後期～)から故障ってそんなにないですね。ただエンジンN46は宿命的にオイル漏れしますので、これも対策されて、あとは定期交換部品に気を付けて、年に1回は定期点検に出しておけばそんなに気にすることありませんよ。（ディーラーじゃなくても輸入車に強い町工場ならテスターや診断機持ってます）
部品もamazonや楽天で売っているので、安く仕入れておいて、部品持ち込みで（輸入車用テスターのある）町工場かボッシュカーサービスにでも交換依頼すれば、維持費は安く済みます。（中国製のコピー品に注意）

ご参考までに（一例）
http://www.yellow-magic.jp/
http://www.speedjapan.co.jp/