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E46とE90の325iに乗りました（今はE90です）
その中から選択するなら迷わずE90の323です。ノーマルでもMスポでもいいのですが、一番故障が少ないと思います。
E46は一度エンジンの点火系でリコールがありそのとき修理されていれば問題ありませんが、そのとき問題ないからといって修理されてない場合は、今後トラブルがおきる可能性があります。またサンルーフ仕様やパワーウインドウの効きが悪く、ゴムシールドを換えたこともあります。新車なら無料ですが中古ならつまらない修理代を請求されることもあります。
古いぶんだけE46は経年劣化しているパーツがたくさんあって、メンテ費用がかかるのではないかと心配します。
ただしワイパー１つでもE46は市販品流用できますがE90はディーラーでないと手に入らないってところはあります。カーナビも作り付けと社外品もOKかといった違いがあったりします。（E90の325以上はサイドブレーキ横にカーナビ用ダイヤルがありますが323以下だと付いていません、逆に高性能の国産カーナビを搭載できます。E46だとステーが市販されているかどうか心配です）
オイル交換などでもオイルゲージが無いので結構面倒だったり・・そういった小さなところで国産車より選択肢が狭まることがあるのがBMWです。

エンジン自体は大きな違いはありませんし、良い吹け上がりですが、それ以外の部分でお金がかかりますので、できるだけ高年式のものを選択されるほうがいいと思います。
E90の320と323なら6気筒の323と4気筒の320では大きく違います。BMWのウリ「駆け抜ける喜び」は6気筒が圧倒的に上ですよ。ゼロ発進はもたつき感がありますが高速の伸びが良くて、ドライブフィールは最高です、一度乗ったら止められません。

丸っこいグリルの46とツリ目の90・・デザインについては好き好きですからご自分でお決めください。