「マイナー後が故障が少ない」というのは、おそらく2006年(日本は2007年)のフルモデルチェンジ前後の比較のことでしょう。
BMWのMINIとして発売されたのは2001年(日本では2002年)。
このときは、ハッチバック(質問文でいうところの小さなMINI)しかありませんでした。このときのエンジンはクライスラー製。
このときのモデルは、それなりに故障が多いと言われます。
2007年にフルモデルチェンジされ、その後、「クラブマン」が追加されました。外見がほとんど変わっていないので、“フル”モデルチェンジされたことに気付かない人も多いんですが、エンジン型式から全て変わっています。
ですから、クラブマンであれば全て“マイナーチェンジ後”(実際はフルモデルチェンジ後)です。
2010年のマイナーチェンジの前後で故障が多い・少ないという話は私は聞いたことありませんね。
ちなみに私は2010年のマイナー前のハッチバック・クーパーSを所有しています。