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D3100とD5100は型落ち入門機ですね。最新はD3200・D5200です。
その上はD7000とこれから出るD7100です。更に上のランクのカメラもありますが、これは異次元と言える領域で価格もかなり跳ね上がります。

画質面で言えばD４０は先に挙げた4機種が該当します。どれも今お持ちのカメラよりいい写真が撮れるのは間違いありません。
新旧・入門機、中門機とも多少の差はあれど画質面ではさして変りはないです。
重箱の隅をつつく感じでみれば差が判るかどうかレべルですしさして拘りがなければD5100検討しているなら正解だと思います。
そう言った理由でD5200より型落ちで値段が安いD5100を選択する人も多いですね。

入門機、中級機も差は画質差と言うより機能面、操作性の差です。
機能面と言えば連写速度やその他目に見えにくい性能の面でご自身の用途では関係ないと言えますし、操作面も設定の変更がスムーズに出来るか否かで、ISOの変更位ならなんら入門機でも支障はないです。

後は無駄な堅牢性に対しての材質の違いや優越感・所有感や拘る人はシャッター音とか持った時の感触等もあります。
入門機と言ってもそれらで納得ならば軽いと言ったこれまた重要な要素が得られるメリットもありますので・・・

基本的に使いこなせると言った漠然的なものではなく「このカメラの機能では不満」と言った場面にあってはじめて検討すべきで、安かろう＝悪かろうと言う事はないのでそれぞれのカメラでご自身に適したカメラを選べばいいと思います。

長くなりましたがD5100でなんら問題なくD3100でさえ後悔する事はないと思います。
これを機会にカメラに興味が出ればD7000にすれば間違えないですが、予算はオーバーですしそれに見合った使用程の価格差なのか見極めのはご自身です。

「撮った写真が勝手に消えていたり、データが破損して閲覧できなかったりすることが頻繁」と言う事ですが、カメラの調子では無いかもしれませんよ。
お使いのSDカードが寿命に成っているのかもしれません。
安い物なので一度4から8GBの新品を買ってテストしていてはいかがでしょう？

まあ買い替えのきっかけとしてはいい時期かもしれませんから、
買い替えるのであればD3100とかD5100で良いと思いますが、お勧めとしてはD5100の方が画面も綺麗で見易いでしょう。

一大きな問題として、
D5100は1690万画素 D5200は2410万画素も有ります。
一方のD40は600万画素です。
お手持ちのパソコンが最新式であれば問題ないのですが、それでも画像の保存に3倍から4倍のHD容量を食う事に成ります。当然画像の展開に掛かる時間等も2-3倍かかると言う事に成ります。
おそらくお使いの状況から見て、A4サイズ程度のプリントが最大ではないか？と想像しますが、A4程度のプリントであれば画素数的に600-800万画素も有れば事足りるというか？それ以上有っても高画質には成らないのです。
もしパソコンが古い機種であるのなら、カメラより先にパソコンを変えておかないと、写真を見る事自身が負担に成るでしょう。

予算的にも買い替えと言う事であるのなら、D5100で何ら問題は無いし、画質的にもD40より良くなっていますが、目が覚める程違う、と言う物でもありません。
バックアップしているパソコンのスペック等も考慮して居られるのであれば良いのですが、そうでない場合はちょっとそこも考えた方が良いかもしれませんよ。

D40を使ってたなら次はD7000ですね。もうちょっと使いこなせるように努力すること前提なら。

D40は初級機。性能はかなり良くなってるが、D3000/5000番台も初級機で5000番代は可変モニタ付き。
D7000から中級機になります。問題は値段だけです。あと＋2万をなんとか。。。。

D40の時代のカメラでD40より下はなかったようです

予算で抑えてしまうとD40クラスの新型しか選べません

質問者様の用途ならＤ5100が良いと思います。型落ちになり価格がかなり下がっていますが現行機種と比較しても見劣りしません。Ｄ40のキットレンズは現行のキットレンズより優秀でボディのみの購入で良いと思います。